Anne Bruneau est lauréate du Prix du Québec Armand-Frappier pour son imposante contribution à l’enrichissement des connaissances en sciences naturelles et environnementales. En 2012, l’Association des biologistes du Québec lui décernait le prix Pierre-Dansereau pour sa contribution exceptionnelle à la conservation de la diversité biologique. En 1995, elle devenait la première femme à occuper le poste de directrice de l’Institut de recherche en biologie végétale (IRBV).
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